Ответ был на видном месте, но я затупил, а через пару дней нашел ответ, но про вопрос вспомнил только сейчас
Вдруг кому-то пригодится
<p>{{ phrase('user_email_confirmation_body_html')|replace({'%username%': 'Evgen', '%board%': option('board_title') })|raw }}</p>
Т.е решается добавлением фильтра
raw в конце
