1) Пустая корзина перед добавлением в корзину (если корзина не пуста) сбросит всю корзину:

add_filter( 'woocommerce_add_to_cart_validation', 'one_cart_item_at_the_time', 10, 3 );
function one_cart_item_at_the_time( $passed, $product_id, $quantity ) {
    if( ! WC()->cart->is_empty())
        WC()->cart->empty_cart();
    return $passed;
}

2) Этот код проверит только добавляемый товар, остальные товары если есть в корзине удалены не будут:

add_filter('woocommerce_add_to_cart_validation', 'one_cart_item_at_the_time', 10, 3);

function one_cart_item_at_the_time( $passed, $product_id, $quantity ) {
    if(! WC()->cart->is_empty()) {
        $cartId = WC()->cart->generate_cart_id($product_id);
        $cartItemKey = WC()->cart->find_product_in_cart($cartId);
        if ($cartItemKey) {
          return $passed;
        } else {
          $woocommerce->cart->add_to_cart( $product_id );
          return $passed;
        }
    }
}