Попробуйте отключить кэширование (начать лучше с APC), если это возможно, и перезапустите php.
Есть такое чувство, что APC виноват в том, что лезет «не туда» куда следует в смысле памяти.
Если вы контроллируете обстановку, можно собрать и поставить php-fpm самому. Желательно адекватным способом, а не make install. (то есть собрать deb-пакет и дать менеджеру пакетов самому поставить его)