Как понять от каких php процессов зависает сервер на Debian?

Если есть возможность: разнести по времени скрипты. сделав интервал между ними больше.
Второй вариант: посмотреть логи веб сервера, который у вас крутится, что и как запустилось.

Как произвести проверку данных Insert перед вставкой в курсоре?

строка не должна быть вставлена