Извините, а откуда мнение, что «suexec PHP» замедляет работу сайта в 20 раз? PHP умеет работать в 3х режимах:
1. как модуль apache (mod_php), тогда php выполняется от того же пользователя, от которого запущен apache (Ваш первоначальный вариант)
2. В режиме FastCGI. И по скорости php-fcgi ничем не медленнее mod_php
3. В режиме просто CGI. Вот это медленее чем mod_php раз в 10, да
Так вот, suexec может использоваться как для (3) варианта, так и для (2) и в случае (2), то есть php запускается как fastcgi, плюс suexec, Вы получите систему, в которой каждый отдельный сайт можно будет запускать от имени и с правами разных аккаунтов, но работать все будет под одним и тем же apache. Так и устроены многие shared-хостинги.
Все, что нужно для этого, это apache, suexec, mod_fcgid и php, собранный с поддержкой fastcgi.