Автор, да без разницы, на мускуле, в файле. Я бы хранил в БД, тк меньше писанины. Пишешь две самые обыкновенные функции setItem и getItem. А внутри делай запросы к бд.
function getItem($key){
$stmt = $db->prepare("SELECT `val` FROM `tab` WHERE `key` = ?");
$stmt->execute(array($key));
return $stmt->fetchColumn();
}