Пока писал, нашел одно странное решение: сократить список (то есть часть именно удалить) разделов в ShellIconOverlayIdentifiers до 13 записей.
Тогда иконки начинают отображаться. С чем это связано так и не понял.
И ещё наткнулся на
специальное приложение, которое вроде как позволяет включать и отключать эти иконки без необходимости лазить руками в реестр.
