Второй фактор в AD и применении смарт-карт ACOS3?

использовать считыватели смарт карт или вы что-то иное имели ввиду?

Какое ПО для шифрования каталогов на серверах выбрать?

Нужно защищать данные от системных администраторов, а также соответствии PCI DSS. Ни BitLocker, ни разграничение прав доступа в этом не помогут.