Может кто то как то графы чертит что бы не путаться?
Эти графы называются UML-диаграммы. И да, они могут помочь. Есть и другие типы диаграмм, да
Но я бы не пытался никогда раскручивать программу именно от точки входа. Логичнее мне кажется исходить от какого то конкретного функционала и искать как он реализован.