"Правильно" думаю такой нет. Все зависит от проекта и используемых технологий.
На сегодня есть два популярных направления организации flie tree (smacss, bem).
Идея в корне разная.
Smacss основан на классическом подходе (разбиение проекта по технологиям), Bem же ориентирован на разбиения проекта на элементы и так же имеют громадное количество инструментов.
Все выше перечисленное имеет значения в зависимости от сложности проекта.
Разработку поддержка безусловно ускоряет если вы понимаете что вы делаете.
И так же советую ознакомится с сборщиками проекта (например gulp)
Gulp один из самых простых и быстрых.
https://smacss.com/ , https://ru.bem.info/.

Если брать из описных логичней второй вариант, таким обзором понятно какие библиотеки используете.
Вот например мой file tree по БЭМ.