Приветствую! Сам несколько дней с этим мучался, нигде информации не нашёл, может кому будет полезно.
В server.xml в коннекторе изменил имя прокси на нужный и начало выводиться то, что нужно. То есть идёт проксирование с другого сервера с нужным доменом на 8080, а на сервере jira настроен коннектор. Таким образом customer открывается так, как надо, по тому доменному имени, который указан в коннекторе