В списке А один элемент в начале. после вызова A.pop() единственный элемент удаляется, поэтому while делает только одну итерацию. а вообще неправильные названия переменных и метода. имхо, это больше чем извращение называть переменные и методы одной буквой
with open(filename, 'w+', encoding='utf8', newline='')
замените на
with open(filename, 'w+', newline='')
или
with open(filename, 'w+', encoding='cp1251', newline='')