Начать стоит с файловой системы.
Одной из наиболее частых ошибок разработчиков (даже опытных) является недооценка важности лимитирования количества файлов на директорию. Если их больше 1000 или приближаетесь - очень желательно дробить по субдиректориям.
Так же нелишне будет проверить сколько инодов вообще доступно системе, может вы уже на пределе плаваете и любой новый десяток темповых файлов заваливает всё дело ))
п.с. (#df -i)