А dmesg что-то про это пишет?
php-акселераторы используете? (apc, opcache, xcache..)?
Сессии где храните?
Кстати я бы fpm на unix-сокет перевёл. Сеть внутри локалхоста тут лишний оверхед имхо.
Сейчас посмотрите вывод sysctl net.core.somaxconn - там по-умолчанию маловато для Ваших настроек.
Ilya Gorenburg: аналогия не подходящая - денег платить не надо, работы по установке на полчаса, зато потом всё наглядно мышкой в браузере. хотя если цель под$$очить в консоли - то да, не подойдёт.
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.
access_log из конфига у Вас ведь отрабатывает как-то