MrPurrPurr

Есть специальные инструмены для построения виртуальных лаб. Ключевые слова для гугла: gns3, eve-ng, pnetlab.

Без конфигов можно сказать что "что-то сломалось".
Попробуйте перенести алиасы в .bash_aliases
В .bashrc должен быть конфиг (он там обычно есть):

if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
. ~/.bash_aliases
fi

IPSec туннели можно настроить на "поднятие" сразу после настройки или при наличии трафика попадающего в этот туннель. Например на juniper SRX за это отвечает параметр "establish-tunnels (immediately | on-traffic);". Возможно у вас что-то схожее.