MrKrot

Потому что в первой строчке вы не создаёте три разных массива, а создаёте три ссылки на один и тот же пустой массив. Потом вы в этот (один и тот же!) массив последовательно добавляете 'a', 'b', 'c'.
То есть, во второй, третьей и четвёртой строчках кода вы обращаетесь к одному и тому же массиву, просто каждый раз через другую ссылку на него.

В пятой строчке вы затираете одну из этих ссылок, заменяя её на уже другой массив [d]. Но другие две ссылки остаются.

Легко проверить, что эти две ссылки на один и тот же объект.
Если вы допишете в конце программы:

x[1].append('z')
print(x)

То получите:
[['d'], ['a', 'b', 'c', 'z'], ['a', 'b', 'c', 'z']]

Нужно просто чётко понимать разницу между самим объектом и ссылкой на этот объект.
Может существовать много ссылок на один объект.

Потому что вы используете атрибут класса. А атрибуты классов совместно используются всеми экземплярами. А вот атрибуты экземпляров уникальны для каждого экземпляра:

>>> class M:
	    data = []
	    def __init__(self, value):
		    self.value = value

>>> x = M(1)
>>> y = M(2)
>>> x.value
1
>>> y.value
2
>>> x.data
[]
>>> y.data
[]
>>> x.data.append(10)
>>> x.data
[10]
>>> y.data
[10]
>>> x.value += 10
>>> x.value
11
>>> y.value
2