Нет, markdown нельзя считать лучшим языком разметки, хотя со своей задачей он, в принципе, справляется.
Вы можете хранить свои заметки на GitHub.
Если вы так ставите вопрос, поставьте OpenOffice write и пользуйтесь, но это не будет markdown. Или, если вам нужно хранить эти заметки в сети, можете использовать Google docs, тоже без markdown.
Добавлю, что весь смысл markdown как раз в предполагаемой простоте ввода разметки (на запоминание которой нужно пять минут) вручную. Потому непонятно, зачем вам одновременно markdown и GUI для форматирования им.
Похоже, вы пошли по распространенному обратному пути подгонки выбранной технологии под нечётко сформулированную задачу, вместо поиска технологии для решения четко сформулированной.
