Anton

Вадим Мисбах-Соловьёв полностью дал верный ответ. Хочу только добавить что необходимо вам освоить команду git status. Данная команда показывает статусы изменения файлов. А так обычно создают репозиторий и делают ветку dev и туда все коммитят, а потом мержат с master если это необходимо.

Недавно сталкивался с такой же проблемой. Вроде ответ littleguga корректен, но не знаю.

Автор, так куча всяких условий

Постоянно пользуюсь Git. Обычно создаю ветку master, в которой выкладываю все актуальные изменения в программе и ветку developer. в которой пытаюсь дорабатывать какой то функционал или делать что то новое в программе. Есть также ветка bugfix, в которой фиксируется баг и затем исправляется. Данная структура хороша тем, что:
1) у вас есть актуальное состояние вашей программы;
2) каждый может просматривать изменения в developer и тем самым выполнять небольшой контроль для разработки;
3) ветка bugfix очень необходимая вещь. Там можно выявить статус багов.

Даниил почитайте лучше книгу про Git Pro Git там вы найдете ответы на все свои вопросы

Если вы собираетесь работать в Git постоянно, то лучше выучить команды консоли. Я сталкивался с такой же проблемой как у вас. Для того чтобы сделать ветки, вам нужно нажать на кнопку ВЕТКА ну и там собственно дать имена вашим веткам. После левее в панели состоянии файлов они у вас появятся. Нажимаете правой кнопкой мыши на ту ветку в которой будете работать и нажимаете "перейти на ветку *". Теперь все последующие коммиты будут идти только в эту ветку. Если вы хотите, чтобы изменения появились в другой ветке, то выполните слияния.