Если вы собираетесь работать в Git постоянно, то лучше выучить команды консоли. Я сталкивался с такой же проблемой как у вас. Для того чтобы сделать ветки, вам нужно нажать на кнопку ВЕТКА ну и там собственно дать имена вашим веткам. После левее в панели состоянии файлов они у вас появятся. Нажимаете правой кнопкой мыши на ту ветку в которой будете работать и нажимаете "перейти на ветку *". Теперь все последующие коммиты будут идти только в эту ветку. Если вы хотите, чтобы изменения появились в другой ветке, то выполните слияния.