Всем спасибо за ответы, решил проблему с помощью загрузочной флешки от Стрельца. Оказывается, очень мощная штука для реанимации компа, в сборке есть для этого буквально всё.
Порядок моих действий
1) С другого ПК накатил сборку на флешку
2) Сменил boot на флешку, почистил вирусы AVZ. Для надёжности прохожусь CureIt DrWeb
3) Утилитой обхожу пароль, меняю boot на Windows жёсткого диска. Логинюсь, отключаю безопасный режим в msconfig и в коносли.
4) Перезагружаю ПК, всё работает как прежде - можно ввести пин, безопасного режима нет, вируса кажется тоже нет