Mofsy

Панацея от всех ваших проблем с интеграцией 1С и WooCommerce https://mofsy.ru/projects/wc1c
Но он платный и состоит из более 10 тыс строк кода.

Есть, но платные варианты
Интеграция с 1С: https://mofsy.ru/projects/wc1c
МодульКасса: https://mofsy.ru/projects/wc-modulkassa
Атол: https://mofsy.ru/projects/wc-atol

Потому что платежный шлюз, который вы используете написан не верно, либо не верно настроен.

На таком сервере и битрикс будет работать хорошо.

Желательно обновить WooCommerce на версию 3.5 и использовать кастомные таблицы.
Так же посмотреть шаблон, вдруг там есть пожиратели ресурсов, и из-за этого вы берете такой мощный сервер.

Нужно написать свой плагин оплаты, реализовав в нем правильный статус.

Не знаю откуда у вас ваш код, но он в корне не верный.

function wc_mark_all_orders_as_complete( $order_id ) { 
    $order = wc_get_order( $order_id ); 
    $order->payment_complete();
} 
add_action( 'woocommerce_order_status_pending', 'wc_mark_all_orders_as_complete' );

Смотря что у вас в шаблоне.

Если код стандартный, то просто вешаете обработчик на хук вывода атрибутов.
Ну и в админку добавляете интерфейс распределения на категории:
- Добавление, редактирование, удаление категорий.
- На странице редактирования атрибутов делаете привязку к категории.