Думаю тут вся проблема в асинхронной инициализации. Т.е. по идее в этом месте лучше использовать fs.readFileSync.
Во вторых, json можно импортировать как обычный модуль, без использования fs:
var config = require('./config.json'),
template = path.join(__dirname, "template", config.TemplateName);
console.log(template);
app.use(express.static(template));
