Alexander Mischuk

Фреймворки используются, чтобы облегчить и ускорить процесс разработки, а вашем случае, кажется, что только усложняете себе жизнь этим.
У бутстрапа в меню есть пункт Customize. Используйте его.

Используйте медиа-запросы. Если что-то не нравится, падинги например, поправьте стили и сохраните )

jsfiddle.net/K9LpL/4