По итогу, может кому пригодится. Решение корректное, на основе моих данных:
SELECT user_id FROM `comments` WHERE user_id NOT IN(SELECT useridWho
FROM `ignore`
WHERE userid = '6482' and useridWho = user_id) and news_id = '77278' order by id DESC limit 30
Структура такая: ignore
userid - id пользователя, который добавил в игнор
useridWho - id пользователя, которого добавил в игнор другой пользователь (userid )
таблица comments
user_id - id пользователя, который создал комментарий
'6482' - тут подставляем переменную, которая содержит идентификатор текущего пользователя, для которого идет получение комментариев на сайте
