position: fixed у кнопки. Далее при скролле проверяется положение страницы. В момент, когда вы прокрутите страницу до конца, у кнопки меняется стиль и она встает на другое место.
Листинг я выдернул прямо из исходников самого сайта emprana.ru:
$("div.main").append('<i class="sprite_picture go_to_top"><\/i>');
$(window).scroll(function() {
var t;
$(this).scrollTop() > 300 ? $(".go_to_top").fadeIn() : $(".go_to_top").fadeOut();
var i = $(window).height(), r = $(this).scrollTop(), u = $("div.main").height(), n = 0;
n = i + r;
t = u - n;
t < 220 ? $(".go_to_top").addClass("absolute") : $(".go_to_top").removeClass("absolute")
});
