https://js.cytoscape.org/
Как раз предназначена для рисования графов. Можно и внешний вид узлов менять (круги, квадраты, что-то более сложное и т.д.), связи рисуются, нажатия обрабатывать и мн. другое.
Можно и самому на Canvas рисовать. Простое рисование не сложно, но много придётся заморачиваться с масштабированием, прокруткой и пр. Если потренироваться - то можно, а если интересен быстрый результат - то лучше библиотеку использовать.
