Mihail900

Сгенерировали одну координату, через уравнение эллипса нашли ограничения для второй, сгенерировали вторую.

const WIDTH = 300;
const HEIGHT = 300;
const canvas = document.getElementById('canvas');
canvas.width = WIDTH;
canvas.height = HEIGHT;

const ctx = canvas.getContext('2d');

const
  X = 100,
  Y = 100,
  A = 90,
  B = 50;

const
  N = 1000,
  SIDE = 4,
  HALF_SIDE = SIDE / 2;

const rand = (min, max) => Math.random() * (max - min) + min;

ctx.beginPath();
ctx.ellipse(X, Y, B, A, Math.PI / 2, 0, 2 * Math.PI);
ctx.stroke();

for (let i = 0; i < N; i++) {
  const
    x = rand(-A + HALF_SIDE, A - HALF_SIDE),
    maxAbsY = (B - HALF_SIDE) / A * Math.sqrt(A * A - x * x),
    y = rand(-maxAbsY, maxAbsY);

  ctx.beginPath();
  ctx.rect(x + X - HALF_SIDE, y + Y - HALF_SIDE, SIDE, SIDE);
  ctx.stroke();
}

https://jsfiddle.net/rLcuy4ko/