Как по мне utf-16 выбрали как баланс между размером в байтах (utf-8) и производительностью (utf-32). Он быстрее чем utf-8, но и размером не такой большой как utf-32.
Также, в ОС Windows и некоторых Linux, используются utf-16 по умолчанию, а Dart хочет стать мультиплатформенным инструментом разработки.
При разработке это никак не виляет, вы также можете использовать utf-8, с помощью dart:convert
