MetaDone

модуль будет скорее всего представлен в виде файла, содержащего класс модуля

Как ограничить модулю доступ к базе данных в пределах одной таблицы

судя по всему будет аццкая смесь из запросов к базе и логики. В общем одним классом-файлом тут не обойтись
Почитайте про инверсию контроля и внедрение зависимости, вопросы отпадут.
Получится что пользовательский модуль будет использовать только то, что ваше "ядро" ему передаст и ничего более.

у меня на одном проекте сделано просто - первый запрос загружает нужные сообщения из базы, а клиент их рендерит. Если собеседник шлет сообщение - то сначала идет аяксовая вставка, после - отправка сообщений через веб-сокет. На бекенде доставкой через вебсокет занимается нода, можно впаять демона на чем угодно, кому как удобнее. Его задача - только передать нужному клиенту сообщение в сокет и все. Получается что сообщение будет в базе и если собеседник имеет возможность - он будет получать все что нужно в реальном времени