Если почтовый архив хранится на собственных серверах, то логично переписку сохранить. Место сейчас недорого, а иногда письмо пятилетней давности может окупить все сервера вместе взятые. Ну заархивировать почту отключенного пользователя, ну индексы убрать, но удалять — не лучший выбор.
Что касается приема на него почты, то ИМХО лучше делать автоответчик который будет сообщать, что сотрудник больше не работает, вместо него работает такой-то, с таким-то мылом.
