Melkij

Консольный интерфейс предоставляет такие возможности. Можно напрямую сконвертировать и сам начальный образ:

VBoxManage convertdd sdb.raw sdb.vdi --format VDI
# затем обратно
VBoxManage clonehd sdb.vdi sdb.raw --format RAW

А можно и сразу raw устройство подцепить, в GUI отсутствует т.к. штука опасная для обычного применения. См. раздел 9.9. Advanced storage configuration

- загружаюсь с флешки с GParted и по образцу и подобию диска1 восстанавливаю разметку диска2 (флаги, метки в том числе)
- загружаюсь с флешки с CloneZilla и по очереди клонирую разделы диска1 (нормального) на диск2 (пациента)

Заменить на:
- загружаетесь с любого livecd и делаете dd if=/dev/sdb of=/dev/sda bs=1M.