Нашел решение проблемы, это оказался частный случай связанный с багом apache 2.4.18
Оказалось что модуль RewriteEngine загружался для https, но не работал.
Помогло:
конфиг: apache2.conf
изменил allowoverride all
По какой-то причине это срабатывает только из основного конфига.