McBernar

Так же, как и в JS.
let urls = ['site.com', 'site2.com'];

MySQL отлично зайдет. Есть же драйвер для ноды.

Монгу можно использовать. Для Ноды — отлично. Это же объектно-ориентированная БД, как и весь JS. Уверен, что никаких транзакций вы делать не будете, поэтому да — берите.