Ничего не выйдет так, скорее всего.
Виндоус хранит 1 набор данных для одного хоста.
Смотрите сразу второй вариант. Может он поможет, так как первый тянет за собой небольшие настройки сервера.
1) Не то чтобы решение. Сам я делал так для совсем других целей (для более гибкой настройки прав), но побочным явлением было требуемое.
Я создавал еще одно подключение на сервере терминалов с другим портом, отличным от 3389, естественно. В таком случае в окне подключения mstsc указываем, как и раньше, просто server, а в другом случае server:порт . Windows считает это двумя разными компьютерами и позволяет сохранять для них учетные данные отдельно.
2) Либо вот еще пришла идея только что...попробуйте в одном случае подключение прописывать по ip, а в другом по ns имени или по имени NetBios. По логике, должно заработать тоже.