Создай "главный" скрипт, который будет отвечать за инициализацию и подключение других
Но всё же, как сказал fetis26, если ваши скрипты не основаны на фичах браузеров то и не нужны лишние заморочки, да и вообще фичи можно и через try-catch и if-else втыкать по надобности
это не баг, просто свойство полностью заменяется. Т.е. смещение происходит не из заданной вами позиции, а из позиции по умолчанию, а matrix отображается, возможно, потому, что он содержит в себе почти все преобразования для элемента и браузеру удобнее из него считывать.
"Болтовня ничего не стоит, покажите нам код".
Мы же не экстрасенсы и не тыжпрограммисты, чтобы по картинке определить причину появления полосы.
Скорее всего дело в margin и padding
Чаще всего для таких целей используется тэг <code></code> со стилями.
Но, чтобы знать наверняка, нужно смотреть код, как сказал Sanan Yuzb, либо через F12, либо правой кнопкой -> Исходный код страницы
element.onscroll = function (e) {
elem=e.target
if (elem.scrollTop == 0)
//с помощью CSS делаем тень СВЕРХУ
else if (elem.scrollTop == elem.scrollTopMax)
//с помощью CSS делаем тень СНИЗУ
}