ну и запускать (если на них стоит бит исполняемости) - просто указав имя в пути.
пример /home/my_user/scripts/my_script.sh
проверить бит(как уже писал
Иван Кузнецов ) можно через ls -l (команду выполнить в директории со скриптами, или указать путь - т.е. либо cd /home/my_user/scripts/ && ls -l либо ls -l /home/my_user/scripts/)
установить бит можно командой chmod +x ( chmod +x /home/my_user/scripts/my_script.sh)