у логсташа один поток инпутов-фильтров-аутпутов.
т.е. если вы одновременно загрузили 2 конфига - он вам и начал и читать из обоих селектов, и писать в оба индекса.
используйте
type => "sometype"
в input, а потом проверку
if [type] == "sometype" {
...
}
в фильтрах и блоке output.