Почему Nginx отдает исходный php код index.php, но исполняет остальные php файлы?

а нет ли чего лишнего в конфигах, которые подключаются в include /etc/nginx/conf.d/*.conf; ?

система заноса рабочего времени

@StepEv А можете развернуть тезис, почему зло? Любопытно

Как узнать количество одинаковых значений в массиве?

Вы каждый раз считаете значения в результате mysql_fetch_array, а там 2 поля: 'model' и 0 c одинаковым значением. Вот и результат два везде.
надо не так