Masterkey

хотел написать полотнище, а потом подумал, что ключевые моменты для решения задачи вы не написали.
предполагаемая частота в каждую из таблиц
SELECT~UPDATE~DELETE~INSERT
какие они?

Полный переход на InnoDB
и оптимизация
www.mysqlperformanceblog.com/2007/11/01/innodb-performance-optimization-basics/
(материал старый, аксакалы подскажите что-то такое же мощное, но поновее?)

и еще был/есть скрипт-помощник в конфигурации мускул серверов, но лучше почитать маны и все сделать правильно

тут небольшой экскурс в сегодняшнее околомускульное состояние
vimeo.com/20439614
для совсем ленивых тут вам сделают хорошо -> mariadb.org/

ну и естественно: эксперименты на отдельной машине, перед обновлением полный бекап.

думаю новейшее решение использующее последние технологии вам поможет
итак

листок бумаги до А0 включительно
ручка
малые навыки рисования (школа 1-2 класс подойдут)

автогенерация кода:
заученные маны с сайта мускула
скоропечатание

Это конечно был стеб, но такие утилиты нужны только тем кому нужно создать схему базы впервые и единожды. для регулярного создания схем они не подходят: скорость создания в них очень низка, а ошибки чаще всего приходится исправлять вручную.

эта тема уже похожа на гадание шарад, так что давайте уже говорите чем занимаетесь иначе мы тут вам такого насоветум, что сами пожалеете!