1. 
xdebug + IDE = отличная пошаговая отладка
2. 
xdebug + 
profiler + (kcachegrind или wincachegrind) = анализ затыков в производительности
3. 
memtrack — поиск утечек памяти в кронах/демонах
4. 
DTrace + PHP = анализ «how it work» и каждого чиха скриптов
5. strace -p PID — анализ 
syscall-чихов скриптов.
6. 
APD — слабый конкурент xdebug, но имеет в себе возможности memtrack. Плохо интегрируется с IDE, однако имеет консольные интерфейсы (см. usage). 
7. wireshark для анализа сетевого трафика, протоколов и т.д. (tcpdump + ssh pipe + wireshark = слежка за трафиком с боевого сервера)
8. можно взять 
runkit и заменять php функции на свои (или делать прокси) для анализа проходящих данных/генерации исключительных данных/блокировки изменения данных.
9. 
Централизированный syslog позволит вовремя реагировать на проблемы.
Конечно, часть не в тему, но меня уже не остановить!