я в одной организации уже так сделал, но в масштабах одной организации, а тут совсем другие масштабы планируются, вот и не уверен, что все будет работать как надо.
Это будет облачный сервер с предустановленным MySQL. Создание новой БД, запись ее в Мастер БД, создание пользователя для новой БД будет происходить с сайта на php во время регистрации новой организации. Мониторить пока не думал как, можно сделать в мастер БД таблицу для ошибок входа или что-то такое, сервер по расписанию будет запускать скрипт на php сайе, тот будет проверять либо сами базы, либо таблицу ошибок и сигнализировать администратору либо посредством смс, либо email.
А какие недостатки в 1 методе?
Насчет хана базе в 3м варианте, можно сделать зеркалирование на пару серверов и в случае чего, чтобы клиент подключался к другим серверам.