Вам придется работать с winapi.
Вам нужно создать прозрачное окно и рисовать в него то, что идет поверх рабочего стола (гуглите "winapi draw in transparent window").
Чтобы не рисовать поверх каких-то окон - надо в каком-то битмапе нарисовать черным цветом силуэты всех этих окон (надо все окна в системе перебрать - тут вам помогут всякие всякие GetWindowRect, EnumWindows, IsWindowVisible.). И при проприсовке надо этот битмап брать как маску (гуглите "winapi clip region").
Сообщения о кликах мышкой надо аккуратно передавать в окно, которое открыто по данным координатам. Сделать все совсем незаметно будет сложно - потому что активным будет не какое-то левое окно, а ваше, раз вы поверх него рисуете.
