Нашёл чуть более удобный способ для обывателей с Windows:
Необходимо экспортировать весь файл в PostScript (Encapsulated создаст для каждой страницы файл - нужен обычный). И далее собрать pdf заново.
Я это проделывал используя Acrobat DC и Acrobat Distiller.