Можно заставить Windows скрывать файлы определённого формата по умолчанию. Для этого нужно сделать следующее:
1. Открыть блокнот.
2. Ввести там следующее:
attrib +h C:\Users\*.qweasd /S
Вместо C:\Users нужно указать путь к папке в которой находят эти файлы которые нужно скрыть.
3. Сохранить его в формате .cmd
4. Зайти в "Планировщик заданий" в Windows. Для этого нужно "Панель управления>Администрирование>Планировщик заданий".
5. Там нужно создать новую задачу. Думаю сами справитесь.
Проверено на Windows 7.