Оно и не должно работать, то что в круглых скобках должно совпадать с именем хеадера, на который ты переходишь только вместо пробелов знак '-'. То есть вот так
### Содержание
1. [Начальное состояние](#Начальное-состояние)
2. [Шаг №1](#Шаг-№1)
3. [Шаг №2](#Шаг-№2)
4. [Шаг №3](#Шаг-№3)