Все очень просто, используй matplotlib, pandas и seaborn. Возможности не ограниченные.
сначала читаем это дело в pandas фрейм и затем рисуем scatterplot. Можно их соеденить сделать их разного размера создать любую палитру цветов, да все что угодно
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
df = pd.read_csv('data.csv',sep=';')
sns.scatterplot(df, x='x',y='y',hue='c')
plt.show()
Вот простенький пример где data.csv это твои данные. Открывай доки как seaborn так и matplotlib и кастомизируй по своему желанию. Рабочий маленький пример рисования точек по цвету третьей переменной я привел.
