Сам в таком же положении — скоро буду вебпак ставить после переоса проекта...
Что нужно понять:
webpack — просо сборщик, генерирует примерно такой же файл, который тебе и нужно будет подключить в тот же шаблон, вместо CDN-версии... то есть управляемый состав, в отличие от CDN
npm-модули спокойно лежат в корне проекта в папке node_modules... свои файлы js пишешь в зависимости от структуры проекта — сам решаешь где... в конфиге вебпака просто подключаешь свои файлы... и генеришь их в файл в папку, куда сервер смотрит... и все
Еще раз:
1. Нужно получить из написанного кода результирующий скрипт через webpack
2. Нужно результирующий скрипт подключить в шаблон/layout (короче во view)
Данный момент не отличается, что для полноценного сайта, что для SPA, и там и там получаешь скрипты для клиента
