Зависит от того, насколько велики эти данные и насколько легко их можно восстановить при перезапуске бота.
Если невелики, и восстановить легко - почему бы и нет.
Если велики (сотни мегабайт) или если нужно отдавать старые данные если сам сайт лежит, то лучше сохранить их в более персистентное хранилище (БД или файл).
