В общем нарыл таки ответ. Раз идет такая кастомизация то лучше использовать фабрику создания макетов из шаблонов templateLayoutFactory.
Через этот конструктор устанавливаем шаблон вывода контента для метки
var commonContent = ymaps.templateLayoutFactory.createClass('<div class="icn_content">$[properties.iconContent]</div>');
а для ситуации с наведением мыши немного модифицируем шаблон, добавив класс к hover обертке
var hoverContent = ymaps.templateLayoutFactory.createClass('<div class="icn_content hover">$[properties.iconContent]</div>');
затем эти шаблоны применяем к стилевому оформлению наших кастомных маркеров, через свойство iconContentLayout
Получаем нужный результат — можем стилизовать контент внутри маркера как угодно, и при программном вызове событий стили на маркерах отрабатываются корректно.
