Makato

Есть приложение, читающее файлы из файловой системы и загружающее в БД часть содержимого.

Ну в данном случае для импорта БД нужно использовать sql скрипты и какую-нибудь либу. Например, flyway.

Есть сервисные классы, в них ряд методов, но возвращаемые типы в методах повторяются.

Если это необходимо, то можно использовать дженерики.

Хотелось бы сделать без спринг шелла, без команд в мейне.

По идее flyway (или например, liquibase) лучше подходят для этих целей.