В общем проблему вроде как нашел, получилось поднять один сайт, ну не совсем получилось конечно, теперь открываются все страницы кроме главной, по ходу ngnix очень капризный и надо делать настройку для каждого сайта в зависимости от cms отдельно. А после тестов прирост скорости оказался незначительный по этому решил остаться на Apache.